Lễ Hiển Linh có nguồn gốc là một ngày lễ cổ xưa của người Kitô giáo tương tự với lễ Giáng Sinh và lễ Phục Sinh. Thời giáo hội sơ khai, chỉ có ngày lễ Phục Sinh là được cử hành đặc biệt hằng năm và mỗi ngày chủ nhật được xem như một ngày "tiểu phục sinh". Đến thế kỷ thứ III, tại Đông phương và Tây phương, xuất hiện các ngày lễ trọng mừng kính mầu nhiệm Thiên Chúa nhập thể làm người. Trong khi tại Tây phương, lễ Giáng Sinh được cố định vào ngày 25 tháng 12, thì ở Đông phương lễ được cử hành vào ngày 6 tháng 1. Sau đó, ngoại trừ các giáo đoàn Armenia, tất cả các giáo hội Đông phương khác dần chuyển sang mừng kính Giáng Sinh vào 25 tháng 12 giống như Tây phương, còn ngày 6 tháng 1 dần chuyển thành lễ Hiển Linh. Từ Đông phương, lễ Hiển Linh lan sang Châu Âu vào khoảng thế kỷ thứ 4 và được nói đến lần đầu tiên tại xứ Gaule vào năm 361. Đến cuối thế kỷ 21, hầu hết các Giáo hội đều cử hành ngày lễ trọng này.

Ban đầu, ở Tây phương, người ta có thói quen cử hành chung các biến cố hạ sinh của Giêsu vào ngày Giáng sinh, biến cố các đạo sĩ đến thờ lạy Chúa và cuộc tàn sát các Thánh Anh Hài. Nhưng khi Roma bắt đầu mừng lễ Hiển Linh thì hai biến cố cuối cùng này được tách rời ra khỏi ngày lễ 25 tháng Chạp để dành tôn kính các Đạo Sĩ là chủ đề chính cho ngày lễ trọng mới vào ngày 6 tháng Giêng. Lễ Hiển Linh trong phụng vụ Roma mang thông điệp chính là sự mạc khải của Đức Kitô cho mọi dân tộc được biểu tượng qua các Đạo Sĩ.

Với Giáo hội Đông phương, lễ Hiển Linh đã trở thành đại lễ mừng thiên tính của Đức Kitô, mầu nhiệm Nhập Thể và sự thờ lạy của các Đạo sĩ, vì thế được cử hành vào ngày lễ Giáng Sinh. Sau đó lễ Hiển Linh ngày càng được hiểu như là lễ Đức Kitô Chịu Phép Rửa.[1] Do đó mà ở Đông phương có tục lệ làm phép nước rửa tội, nước giếng rửa tội, các nguồn nước và sông suối vào dịp lễ Hiển Linh. Vào ngày này, nhiều người đến bờ sông Giođan để dìm mình ba lần trong dòng sông theo như nghi thức rửa tội của Đông phương.